迅速なシーケンスにより遺伝子の高い新生児てんかん診断率が得られる

ニューヨーク – 乳児てんかんの多国間ゲノム研究の初期結果では、高速全ゲノム配列決定 (WGS) がより一般的な方法よりも診断率を向上させることが判明し、全ゲノム検査が診断と発症の標準治療になることを望む人々に希望を与えました。新生児の遺伝性疾患の治療計画。

今月「Lancet Neurology」誌に掲載された研究では、国際プレシジョン・チャイルド・ヘルス・パートナーシップ（IPCHiP）のパイロットおよび最初の主力プロジェクトである小児てんかんサービスにおける遺伝子短縮評価時間（Gene-STEPS）について説明されている。この論文は、Gene-STEPSに参加した最初の100家族に関するデータを報告しており、これは2022年8月31日までの12か月間の登録を表しています。

臨床医は、親子トリオの迅速WGSを使用して、研究した100人の赤ちゃんのうち43人で乳児てんかんを診断することができました。これは、非迅速ゲノム配列決定を用いた以前の研究で見つかった48パーセントの収率に近く、他の研究者がマイクロアレイで達成したものよりもはるかに高かったです。遺伝子パネルとエクソームシーケンス。

「我々は、ほとんどの場合において、乳児とその家族に対する遺伝子診断の即時的な臨床的有用性を実証している」と著者らは書いている。「私たちの発見は、この脆弱な集団における緊急の対象を絞った管理を知らせることができる早期の病因診断を促進するための最先端の迅速ゲノム検査の使用を促す裏付けとなります。」

IPCHiP、ひいては Gene-STEPS には、オーストラリアのメルボルンにあるマードック小児研究所、カナダのトロントを拠点とする病児病院 (SickKids)、英国のユニバーシティカレッジロンドンのグレートオーモンドストリート小児衛生研究所、およびボストンが含まれます。アメリカの小児病院。

IPCHiP 連合は 2019 年に結成されました。「それ以来、私たちはこれら 4 つの主要な小児病院が持つ専門知識とリソースを活用して、小児精密治療のさまざまな側面を前進させようと努めてきました」と神経精神医学遺伝学のグレゴリー・コステイン氏は説明した。 SickKids の専門家であり、Lancet Neurology 論文の共著者。

コステイン氏は、目的は、迅速WGSを原因不明のてんかんを持つ乳児のための「一次検査」にすることだと述べた。この論文は、Gene-STEPSが、原因は不明だが遺伝的であると考えられる他の疾患にも輸出される可能性があることを示唆しています。

4 つの施設すべてがショートリード Illumina 機器を使用してシーケンスを実行しましたが、各施設は二次および三次解析に異なる方法とツールを選択する可能性がありました。

最終的にオンタリオ州全体の新生児に対する迅速な WGS をサポートすることを目指して、SickKids は臨床診断ラボに新しいプロトコルとワークフローを設定しました。コステイン氏は、SickKidsは変異体の呼び出しやアライメントなどの二次分析にイルミナのDragenソフトウェアを使用していると述べた。三次分析のために、病院は、イルミナが所有する別の製品である、AI ベースの変異体キュレーションおよび解釈アプリケーション Emedgene に注目しました。

ボストン児童センターは、迅速な WGS をコネチカット州スタンフォードに拠点を置く企業 GeneDx に委託しています。オーストラリアと英国の病院は、この研究のために国家および準国家のゲノミクスインフラストラクチャを使用しています。

「すべてのケースにおいて、私たちは塩基配列決定を支援する研究資金を利用することでパラダイムを前進させていた。なぜなら、これら4つの場所のいずれにおいても、てんかんを患う乳児全員に対する迅速なゲノム塩基配列決定が日常的な臨床検査とはみなされなかったからである」とコステイン氏は説明した。

迅速な WGS が新生児スクリーニングや小児ケアの日常的な一部となるためには、臨床ワークフローへの統合や最前線の医療従事者への教育など、まだ多くのことが必要です。

「医療遺伝学者として、私は患者にタイムリーで包括的な遺伝子検査を利用できるようにするというこの考えに非常に熱心に取り組んでいます」とコステイン氏は述べた。しかし、そのためには診断率を超えた証拠基盤の生成が必要となる。

「ゲノム配列決定は、標的を絞ったアプローチよりも多くの診断を発見できるという点でほぼ同意できると思います」と同氏は述べた。「問題は、それが費用対効果が高いかどうか、また、それが医療業務として統合される前に、私たちが認識しておく必要がある、良くも悪くもその他の下流への影響があるかどうかです。」